Những năm qua, KTNN đã đẩy mạnh kiểm toán xác định giá trị DNNN trước cổ phần hóa (CPH), góp phần minh bạch hóa nền tài chính quốc gia, phòng chống tham nhũng, chống thất thoát tài sản công. Bên cạnh những kết quả đạt được, công tác kiểm toán lĩnh vực này vẫn còn những hạn chế, cần tiếp tục hoàn thiện trong thời gian tới.  
Kiểm soát chất lượng kiểm toán (KSCLKT) là hoạt động mang tính bắt buộc, có ý nghĩa quan trọng đối với việc nâng cao giá trị các kết luận, kiến nghị kiểm toán. Trong đó, khả năng KSCLKT của đơn vị chủ trì cuộc kiểm toán gắn liền với vai trò, trách nhiệm của người đứng đầu đơn vị - kiểm toán trưởng (KTT) được đánh giá là quan trọng nhất, quyết định chất lượng cuộc kiểm toán.
  Tại Hội nghị Tổng kết công tác năm 2017 và triển khai nhiệm vụ năm 2018 của ngành tổ chức xây dựng Đảng (19/01/2018), Tổng Bí thư Nguyễn Phú Trọng trăn trở và nhấn mạnh: “Chạy chức, chạy quyền, tệ tham nhũng đã chi phối tới nhiều khâu trong công tác cán bộ, từ lựa chọn đối tượng đưa đi đào tạo, bồi dưỡng, đến quy hoạch, luân chuyển, đánh giá, bổ nhiệm, nên mới có hiện tượng đề bạt, cất nhắc nhiều người nhà, người thân quen mặc dù không đủ tiêu chuẩn? Vì sao cứ nói bổ nhiệm đúng quy trình, nhưng kết quả thực tế bố trí cán bộ lại là sai?”
Việc sử dụng có hiệu quả kết luận và kiến nghị trong báo cáo kiểm toán (BCKT) là điều cần thiết nhằm tăng thêm chất lượng hoạt động và đảm bảo thẩm quyền của cơ quan dân cử. Do đó, KTNN cần chú trọng và có biện pháp phối hợp với các cơ quan như Quốc hội, Chính phủ, HĐND các cấp để các kết luận, kiến nghị thực sự phát huy hiệu quả.
Đánh giá tác động môi trường (ĐGTĐMT) là vô cùng quan trọng và cần thiết trước khi bắt đầu triển khai một dự án. Nhận thức được tầm quan trọng của ĐGTĐMT, Tổ chức quốc tế Các cơ quan Kiểm toán tối cao (INTOSAI) đã sớm nghiên cứu và coi đây là một trong những nội dung trọng tâm về kiểm toán môi trường (KTMT). Từ thông lệ quốc tế và thực tiễn hoạt động chuyên môn, KTNN Việt Nam cũng đã đúc kết được nhiều kinh nghiệm trong kiểm toán ĐGTĐMT.
Phát triển hoạt động kiểm toán dựa trên đánh giá rủi ro và xác định trọng yếu là xu thế tất yếu của các cơ quan kiểm toán tối cao (SAI). Phương pháp này thể hiện đúng bản chất nghiệp vụ kiểm toán, phù hợp với thông lệ quốc tế, giúp nâng cao chất lượng, hiệu quả của hoạt động kiểm toán.
  Thời gian qua, KTNN chuyên ngành IV đã tăng cường kiểm toán các dự án đầu tư sử dụng nguồn vốn ODA và đạt được một số kết quả nhất định. Tuy nhiên, để kết quả kiểm toán được toàn diện hơn, các đoàn kiểm toán cần có sự linh hoạt trong cách thức triển khai, đặc biệt là chú trọng nâng cao năng lực cho đội ngũ kiểm toán viên (KTV).  
Những năm qua, công tác xử lý nợ xấu, đặc biệt là việc xử lý nợ theo Nghị quyết số 42/2017/QH14 (Nghị quyết 42) của Quốc hội đã đạt được nhiều kết quả tích cực. Tuy nhiên, diễn biến phức tạp của dịch bệnh Covid-19 đang khiến nợ xấu có nguy cơ tăng cao trở lại.
  Kiểm toán hoạt động (KTHĐ) là một trong ba loại hình kiểm toán mà các cơ quan kiểm toán tối cao (SAI) có thể áp dụng khi thực hiện các cuộc kiểm toán môi trường (KTMT). Kinh nghiệm quốc tế cho thấy, để thực hiện tốt KTHĐ trong lĩnh vực môi trường, các SAI cần xác định các tiêu chí kiểm toán, nhận diện được rủi ro, thách thức.