Chất lượng kiểm toán luôn là yếu tố quan trọng, có ý nghĩa quyết định trong việc khẳng định uy tín, hiệu lực, hiệu quả hoạt động KTNN. Để đáp ứng được yêu cầu nhiệm vụ, KTNN phải bảo đảm kết quả kiểm toán tin cậy và được kiểm soát chất lượng đầy đủ, thích hợp. Việc thực hiện kiểm soát chất lượng kiểm toán được thực hiện ở nhiều cấp độ khác nhau, từ bản thân mỗi tổ kiểm toán, đoàn kiểm toán, đến các Kiểm toán trưởng và Tổng Kiểm toán nhà nước (thông qua Vụ Chế độ và kiểm soát chất lượng kiểm toán)... Đặc biệt, việc hoàn thiện hoạt động kiểm soát chất lượng kiểm toán của Kiểm toán trưởng tại KTNN là thực sự cấp thiết có ý nghĩa cả về lý luận và thực tiễn nhằm bổ sung, hoàn thiện hoạt động kiểm soát chất lượng kiểm toán của Kiểm toán trưởng góp phần nâng cao chất lượng, hiệu lực, hiệu quả của hoạt động kiểm toán của KTNN.
Thực tế những năm qua, tiền sử dụng đất đã trở thành một nguồn thu quan trọng của NSNN, được điều tiết 100% cho ngân sách địa phương để đầu tư xây dựng cơ sở hạ tầng phục vụ cho việc phát triển kinh tế - xã hội. Tuy nhiên, kết quả kiểm toán của KTNN cho thấy, tại nhiều địa phương, công tác quản lý, sử dụng đất vẫn còn tình trạng sai sót, lãng phí, thất thoát ngân sách, đặc biệt là trong vấn đề áp dụng các phương pháp xác định giá đất.
  Đất đai là một trong những tài sản công quan trọng nhất, đặc biệt nhất, hiếm có nước nào trên thế giới xác định đất đai là sở hữu của toàn dân, do Nhà nước là đại diện chủ sở hữu như nước ta. Bởi vậy có thể nói, tất cả những bài học hay kinh nghiệm liên quan đến kiểm toán, thanh tra, giám sát, quản lý và sử dụng đất đai từ nước ngoài sẽ rất khó áp dụng tại Việt Nam. Đã đến lúc, Việt Nam phải xây dựng các quy định liên quan đến vấn đề quản lý, sử dụng đất đai, trong đó có việc kiểm toán đối với lĩnh vực này.
Tại buổi tập huấn “Đề cương kiểm toán việc quản lý, sử dụng đất trong quá trình cổ phần hóa (CPH) và sau CPH của các DNNN giai đoạn 2011- 2017” vừa được KTNN tổ chức, ông Khương Tiến Hùng - Phó Kiểm toán trưởng KTNN chuyên ngành VI - đã chia sẻ một số vướng mắc và hướng giải quyết khi thực hiện kiểm toán những nội dung liên quan đến lĩnh vực đất đai của  DN CPH.
Môi trường và sự phát triển bền vững hiện nay không chỉ là vấn đề riêng của mỗi quốc gia mà đã trở thành vấn đề toàn cầu đang được thế giới đặc biệt quan tâm. Trước các vấn đề bức xúc về môi trường toàn cầu hiện nay, hàng loạt công cụ luật pháp, kinh tế đã được đưa ra nhằm quản lý tốt môi trường, buộc các tổ chức, nhà máy, cơ sở sản xuất phải chấp hành. Trong bối cảnh đó, kiểm toán môi trường ra đời và trở thành công cụ quản lý sắc bén và hiệu quả.
Những năm qua, các đơn vị trực thuộc KTNN như KTNN chuyên ngành II, III, VI… đã chủ trì thực hiện, phối hợp thực hiện thành công nhiều cuộc kiểm toán chuyên đề quy mô lớn theo mô hình Đoàn kiểm toán tập trung hoặc theo mô hình Đoàn kiểm toán lồng ghép. Thực tiễn cho thấy, mỗi mô hình đều có những ưu điểm, hạn chế nhất định.