Những năm qua, các đơn vị trực thuộc KTNN như KTNN chuyên ngành II, III, VI… đã chủ trì thực hiện, phối hợp thực hiện thành công nhiều cuộc kiểm toán chuyên đề quy mô lớn theo mô hình Đoàn kiểm toán tập trung hoặc theo mô hình Đoàn kiểm toán lồng ghép. Thực tiễn cho thấy, mỗi mô hình đều có những ưu điểm, hạn chế nhất định.
Trong những năm qua, cùng với việc nâng cao năng lực, hiệu quả và chất lượng kiểm toán của Kiểm toán Nhà nước, tại các cuộc kiểm toán quyết toán ngân sách địa phương đã chú trọng tổ chức kiểm toán chuyên sâu theo từng lĩnh vực, từng khâu trong quản lý, điều hành ngân sách và đã đạt được kết quả tích cực. Đối với kiểm toán công tác quản lý thu ngân sách tại cơ quan thuế đã kiến nghị xử lý, khắc phục những hạn chế, sai phạm và kiến nghị tăng thu hàng ngàn tỷ đồng cho ngân sách Nhà nước. Các kết quả phân tích này nhằm đưa ra một số gợi ý hữu ích đối với việc tổ chức hoạt động kiểm toán thu ngân sách tại cơ quan thuế trong kiểm toán ngân sách địa phương.