Kiểm toán nhà nước được tổ chức và quản lý tập trung thống nhất, gồm: Bộ máy điều hành, Kiểm toán nhà nước chuyên ngành, Kiểm toán nhà nước khu vực và các đơn vị sự nghiệp.

Tổ chức, nhiệm vụ, quyền hạn cụ thể của Kiểm toán nhà nước do Luật Kiểm toán nhà nước năm 2015 quy định.

Hiện nay, cơ cấu tổ chức của Kiểm toán nhà nước bao gồm 30 Vụ và đơn vị tương đương cấp Vụ, gồm:

Các đơn vị tham mưu thuộc bộ máy điều hành

1. Văn phòng Kiểm toán nhà nước

2. Vụ Tổ chức cán bộ

3. Vụ Tổng hợp

4. Vụ Chính sách kiểm toán nhà nước

5. Vụ Pháp chế

6. Vụ Hợp tác quốc tế

7. Thanh tra Kiểm toán nhà nước

8. Văn phòng Đảng ủy

9. Cục Công nghệ thông tin

Các đơn vị Kiểm toán nhà nước chuyên ngành

1. Kiểm toán nhà nước chuyên ngành Ia

2. Kiểm toán nhà nước chuyên ngành Ib 

3. Kiểm toán nhà nước chuyên ngành II

4. Kiểm toán nhà nước chuyên ngành III 

5. Kiểm toán nhà nước chuyên ngành IV 

6. Kiểm toán nhà nước chuyên ngành V 

7. Kiểm toán nhà nước chuyên ngành VI 

Các đơn vị Kiểm toán nhà nước khu vực

1. Kiểm toán nhà nước khu vực I, trụ sở đặt tại Thành phố Hà Nội

2. Kiểm toán nhà nước khu vực II, trụ sở đặt tại Thành phố Vinh, tỉnh Nghệ An

3. Kiểm toán nhà nước khu vực III, trụ sở đặt tại Thành phố Đà Nẵng

4. Kiểm toán nhà nước khu vực IV, trụ sở đặt tại Thành phố Hồ Chí Minh

5. Kiểm toán nhà nước khu vực V, trụ sở đặt tại Thành phố Cần Thơ

6. Kiểm toán nhà nước khu vực VI, trụ sở đặt tại Thành phố Hạ Long, tỉnh Quảng Ninh

7. Kiểm toán nhà nước khu vực VII, trụ sở đặt tại Thành phố Yên Bái, tỉnh Yên Bái

8. Kiểm toán nhà nước khu vực VIII, trụ sở đặt tại Thành phố Nha Trang, tỉnh Khánh Hòa

9. Kiểm toán nhà nước khu vực IX, trụ sở đặt tại Thành phố Mỹ Tho, tỉnh Tiền Giang

10. Kiểm toán nhà nước khu vực X, trụ sở đặt tại thành phố Thái Nguyên, tỉnh Thái Nguyên

11. Kiểm toán nhà nước khu vực XI, trụ sở đặt tại thành phố Thanh Hoá, tỉnh Thanh Hoá

12. Kiểm toán nhà nước khu vực XII, trụ sở đặt tại thành phố Biên Hoà, tỉnh Đồng Nai

Các đơn vị sự nghiệp

1. Trường Đào tạo và bồi dưỡng nghiệp vụ kiểm toán

2. Báo Kiểm toán

Văn phòng Kiểm toán nhà nước có con dấu riêng. Kiểm toán nhà nước khu vực và các đơn vị sự nghiệp có tư cách pháp nhân, có con dấu, tài khoản và trụ sở riêng.

Kiểm toán nhà nước chuyên ngành thực hiện kiểm toán theo chuyên ngành đối với cơ quan, tổ chức ở Trung ương.

Kiểm toán nhà nước khu vực thực hiện kiểm toán đối với cơ quan, tổ chức ở địa phương trên địa bàn khu vực và các nhiệm vụ kiểm toán khác theo sự phân công của Tổng Kiểm toán nhà nước.