Từ năm 2007, công tác kiểm toán các dự án đầu tư xây dựng công trình được thực hiện theo quy trình quy định tại Quyết định số 05/2007/QĐ-KTNN ban hành kèm theo Quy trình kiểm toán dự án đầu tư. Tuy nhiên, sau một thời gian áp dụng một số quy định của Quy trình không còn phù hợp với thực tiễn, nhiều nội dung chưa quy định cụ thể... dẫn đến khó khăn trong việc áp dụng khi thực hiện kiểm toán. Nhằm khắc phục những tồn tại trên, sau quá trình nghiên cứu, rà soát, soạn thảo và lấy ý kiến rộng rãi, Tổng Kiểm toán Nhà nước đã ký Quyết định số 03/2012/QĐ-KTNN ngày 04/04/2012, ban hành kèm theo Quy trình kiểm toán dự án đầu tư xây dựng công trình.