Vụ Giám định và Kiểm tra chất lượng kiểm toán là đơn vị mới được thành lập theo Nghị định số 93/2003/NĐ-CP ngày 13/8/2003 của Chính phủ và chính thức đi vào hoạt động từ 1/4/2004 trên cơ sở chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn được quy định tại Quyết định số 100/QĐ-KTNN ngày 01/3/2004 của Tổng KTNN.