Kiểm toán nhà nước (KTNN) khu vực XI được thành lập theo Quyết định số 755/QĐ-KTNN ngày 15/6/2011 của Tổng Kiểm toán nhà nước, trụ sở đặt tại thành phố Thanh Hóa, tỉnh Thanh Hóa; có chức năng giúp Tổng Kiểm toán nhà nước đánh giá, xác nhận, kết luận và kiến nghị đối với việc quản lý, sử dụng tài chính công, tài sản công và các hoạt động có liên quan đến việc quản lý, sử dụng tài chính công, tài sản công của 4 tỉnh: Nam Định, Ninh Bình, Thanh Hóa và Thái Bình.