Không giống như khi kiểm toán các báo cáo tài chính, kiểm toán viên (KTV) có thể căn cứ vững chắc trên chuẩn mực kế toán và các văn bản qui phạm pháp luật về chế độ và kỷ luật tài chính để đưa ra kết luật và kiến nghị kiểm toán. Trong kiểm toán hoạt động, điều khó khăn chủ yếu là tìm ra được mhững tiêu chí cụ thể để đánh giá một hoạt động là có hiệu quả và hiệu lực hay không.