Thực hiện Chương trình xây dựng văn bản quy phạm pháp luật năm 2012, nhằm khắc phục những tồn tại, hạn chế của Quy trình kiểm toán các tổ chức tài chính ngân hàng đã ban hành năm 2010, ngày 11/4/2012, Tổng Kiểm toán Nhà nước đã ký Quyết định số 06/2012/QĐ-KTNN ban hành Quy trình kiểm toán các tổ chức tài chính ngân hàng thay thế Quyết định số 03/2010/QĐ-KTNN ngày 10/2/2010 của Tổng Kiểm toán Nhà nước ban hành Quy trình kiểm toán các tổ chức tài chính, ngân hàng.