Cơ cấu tổ chức
1. Lãnh đạo Kiểm toán nhà nước chuyên ngành II gồm: Kiểm toán trưởng và các Phó Kiểm toán trưởng.
2. Tổ chức của Kiểm toán nhà nước chuyên ngành II gồm các phòng cụ thể như sau:
- Phòng Tổng hợp;
- Phòng Kiểm toán ngân sách 1;
- Phòng Kiểm toán ngân sách 2;
- Phòng Kiểm toán ngân sách 3;
- Phòng Kiểm toán ngân sách 4;
- Phòng Kiểm toán đầu tư dự án.
(Trích theo Quyết định số 216 /QĐ-KTNN ngày 06 tháng 02 năm 2015 của Kiểm toán trưởng KTNN chuyên ngành II)