AGP được thành lập theo Lệnh của Tổng thống Pakistan số 21/1973. Vai trò, quyền hạn, chức năng và nhiệm vụ của AGP được hiến định trong Hiến pháp 1973 của Pakistan. Các báo cáo của AGP được đệ trình lên Tổng thống và được Tổng thống phê duyệt trước khi trình Quốc hội. Tổng Kiểm toán nhà nước do Tổng thống bổ nhiệm. Nhiệm kỳ của Tổng Kiểm toán nhà nước Pakistan là 5 năm và tuổi nghỉ hưu là 65.
Theo kết quả của cuộc kiểm toán, CAA đã không thực hiện nghĩa vụ thu hồi chi phí hàng không đối với 294 đơn vị vận hành, các hãng hàng không nội địa và nước ngoài trong năm tài khóa 2013-2014 kết thúc ngày 30/6/2014. Do thiếu cơ chế quản lý phù hợp, số tiền chưa được hoàn trả của CAA đã lên tới 25,8 tỷ Rupi (khoảng 2,53 tỷ USD). Đồng thời, kiểm toán viên đã chỉ ra những yếu kém liên tiếp trong biện pháp kiểm soát nội bộ của các cán bộ cấp cao, được xem là nguyên nhân chính dẫn đến việc mất mát công quỹ.
Cuộc kiểm toán đã chỉ ra rằng, Ban quản lý của CAA tại sân bay quốc tế Benazir (thủ đô Islamabad, Pakistan) đã không thu hồi chi phí điện nước hơn 2,5 triệu Rupi từ hãng Hàng không quốc tế Pakistan (PIA). CAA cũng không thu hồi được số tiền 1,9 tỷ Rupi mà PIA có nghĩa vụ thanh toán cho phí cấp phép tại sân bay quốc tế Jinnah (Karachi) và 2,2 tỷ Rupi từ một số hãng hàng không khác. Trong năm tài khóa 2013-2014, nhiều hãng hàng không quốc tế cũng đã không thanh toán số tiền thuế du lịch nước ngoài hơn 1 tỷ Rupi cho CAA, dẫn đến khoản thất thoát ngân sách lớn.
Ngoài ra, khi bàn về ngân sách và chi tiêu, các kiểm toán viên phát hiện ra rằng những cán bộ cấp cao của CAA đã không sử dụng hết số ngân sách được phân bổ dành cho phát triển. Điều này dẫn đến chậm trễ trong nhiều chương trình, dự án về cơ sở hạ tầng. Kết quả kiểm toán cũng cho thấy những sai phạm nghiêm trọng trong các tài khoản kế toán của CAA với số tiền hơn 50 tỷ Rupi, trong đó phần lớn liên quan đến các hành vi tham nhũng trong việc chậm trễ thi công dự án Cảng Hàng không quốc tế Islamabad mới (NIIA).
Hàng loạt các sai phạm tài chính cũng bị phát hiện như: việc thanh toán vượt mức 1.057 triệu Rupi cho hạng mục mua sắm công. Đây là một lĩnh vực đặc biệt dễ xảy ra tình trạng tham nhũng. Được biết, Pakistan là một trong số các quốc gia đã ban hành các nghị định điều chỉnh việc mua sắm công, theo đó toàn bộ hồ sơ của quy trình mua sắm được lưu giữ nhằm phục vụ công tác đánh giá, khiếu nại, góp phần ngăn chặn tham nhũng. Quốc gia này đã áp dụng “Khế ước về tính thanh liêm” trong các hợp đồng mua sắm công có giá trị trên 170 ngàn USD, để xử lý sai phạm trong đấu thầu và kỷ luật công chức sai phạm trong quá trình mua sắm.
Bên cạnh đó, Báo cáo kiểm toán cũng chỉ ra hàng loạt các sai phạm liên quan đến việc bổ nhiệm kỹ sư, chuyên gia tư vấn, giám đốc dự án và nhân sự kỹ thuật của hợp đồng thi công Cảng Hàng không quốc tế Islamabad mới. CAA đã chỉ định một cán bộ làm Giám đốc dự án để thực hiện công tác thi công, nhưng đã có hành vi vi phạm quy định về đấu thầu. Giám đốc dự án này đã cho phép thực hiện các khoản thanh toán không rõ ràng trị giá 1.578 triệu Rupi cho nhiều nhà thầu.
Trước những kết quả kiểm toán của AGP, ban lãnh đạo CAA không thể đưa ra những giải trình hợp lý liên quan đến các vấn đề này. Đại diện CAA cho biết, cơ quan này hiện đang nỗ lực để thu hồi các khoản tiền mà PIA và các hãng hàng không khác chưa thanh toán, đồng thời cam kết sẽ sớm tiến hành xử lý các cán bộ quản lý có hành vi sai phạm.
Theo Báo Kiểm toán số 33/2015