1. Tổ chức bộ máy của Văn phòng Ban cán sự đảng, Đảng ủy, Đoàn thể gồm:
a) Phòng Tổng họp;
b) Phòng Giúp việc Ban cán sự đảng;
c) Phòng Công tác Đảng;
d) Phòng Công tác Đoàn thể.
2. Văn phòng Ban cán sự đảng, Đảng ủy, Đoàn thể gồm có: Chánh Văn phòng, các Phó Chánh văn phòng, Phó Chủ nhiệm chuyên trách ủy ban Kiểm tra Đảng ủy, Phó Chủ tịch Công đoàn chuyên trách Công đoàn Kiểm toán nhà nước, trưởng phòng, các phó trưởng phòng và các công chức, người lao động;
Việc bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức công chức lãnh đạo của Văn phòng Ban cán sự đảng, Đảng ủy, Đoàn thể thực hiện theo quy định về phân cấp quản lý cán bộ và bổ nhiệm, bổ nhiệm lại, từ chức, miễn nhiệm công chức, viên chức lãnh đạo của Kiếm toán nhà nước.
3. Biên chế của Vãn phòng Ban cán sự đảng, Đảng ủy, Đoàn thể được sử dụng trong tổng chỉ tiêu biên chế được giao của Kiểm toán nhà nước.
4. Chức năng, nhiệm vụ cụ thể của từng phòng do Chánh Văn phòng Ban cán sự đảng, Đảng ủy, Đoàn thể quy định sau khi có ý kiến phê duyệt của Ban cán sự đảng.
5. Việc thành lập, sáp nhập, chia tách, giải thể các đon vị thuộc Văn phòng Ban cán sự đảng, Đảng ủy, Đoàn thế do Ban cán sự đảng quyết định theo đề nghị của Vụ trưởng Vụ Tố chức cán bộ và Chánh Văn phòng Ban cán sự đảng, Đảng ủy, Đoàn thể.
Chế độ làm việc: Văn phòng Ban cán sự đảng, Đảng ủy, Đoàn thể hoạt động theo chế độ thủ trưởng và theo Quy chế làm việc của Văn phòng Ban cán sự đảng, Đảng ủy, Đoàn thể. Quy chế làm việc của Văn phòng Ban cán sự đảng, Đảng ủy, Đoàn thế do Ban cán sự đảng quyết định.