Cơ cấu tổ chức
1. Lãnh đạo Báo Kiểm toán gồm: Tổng biên tập và các Phó Tổng biên tập giúp việc cho Tổng Biên tập. Tổng Biên tập do Tổng Kiểm toán Nhà nước bổ nhiệm, miễn nhiệm và cách chức sau khi thống nhất ý kiến với cơ quan quản lý Nhà nước về báo chí. Các Phó Tổng Biên tập do Tổng Kiểm toán Nhà nước bổ nhiệm, miễn nhiệm và cách chức.
2. Tổ chức của Báo Kiểm toán gồm:
a. Phòng Thư ký toà soạn;
b. Phòng Phóng viên;
c. Phòng Đặc san;
d. Phòng Trị sự;
đ. Phòng Phát hành và Quảng cáo.
Phòng có Trưởng phòng và các Phó trưởng phòng giúp việc cho Trưởng phòng. Việc bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức viên chức lãnh đạo cấp phòng được thực hiện theo Quy định phân cấp quản lý cán bộ của Kiểm toán Nhà nước.
Chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của từng phòng do Tổng Biên tập Báo Kiểm toán quy định sau khi có ý kiến phê duyệt của Tổng Kiểm toán Nhà nước.
Việc thành lập, sáp nhập, chia tách, giải thể các phòng thuộc Báo Kiểm toán do Tổng Kiểm toán Nhà nước quyết định theo đề nghị của Vụ trưởng Vụ Tổ chức cán bộ và Tổng Biên tập Báo Kiểm toán.