Cơ cấu tổ chức
1. Tổ chức bộ máy của Kiểm toán nhà nước chuyên ngành II gồm có:
a) Phòng Tổng hợp;
b) Phòng Kiểm toán ngân sách 1;
c) Phòng Kiểm toán ngân sách 2;
d) Phòng Kiểm toán ngân sách 3;
đ) Phòng Kiểm toán ngân sách 4;
e) Phòng Kiểm toán đầu tư - dự án;
2. Kiểm toán nhà nước chuyên ngành II gồm có: Kiểm toán trưởng, các Phó Kiểm toán trưởng, Trưởng phòng, các Phó trưởng phòng, các công chức và người lao động.
Việc bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức công chức lãnh đạo của Kiểm toán nhà nước chuyên ngành II được thực hiện theo Quy định về phân cấp quản lý cán bộ và bổ nhiệm, bổ nhiệm lại, từ chức, miễn nhiệm công chức, viên chức lãnh đạo của Kiểm toán nhà nước.