Kiểm toán phối hợp là những cuộc kiểm toán do nhiều cơ quan kiểm toán tối cao (SAI) cùng thực hiện tại mỗi nước với cùng một chủ đề kiểm toán. Sáng kiến này cũng đã được Tổ chức các cơ quan kiểm toán tối cao Mỹ Latin và Caribe (OLACEFS) áp dụng trong nhiều năm qua như một chiến lược nhằm xây dựng năng lực cho các SAI trong khu vực.