Ngày 19/9/2006, tại trụ sở Kiểm toán Nhà nước, Đoàn giám sát dự án của EC do bà Mary Hall, chuyên gia giám sát độc lập làm đại diện đã có buổi làm việc với Ban quản lý Dự án EC -KTNN.
Ông Lê Đình Thăng, phó văn phòng KTNN, đại diện Ban quản lý Dự án báo cáo tổng quan công việc đã thực hiện cũng như những bất cập còn tồn tại của dự án và đưa ra một số đề xuất, kiến nghị đối với EC, cụ thể: đề nghị EC sớm chính thức cử người làm đồng Trưởng Ban quản lý dự án, thống nhất quy chế hoạt động của BQLDA và của Dự án với KTNN; các báo cáo tiến độ và báo cáo tài chính định kỳ 6 tháng một lần cần được gửi cho KTNN, giúp KTNN nắm được tình hình hoạt động của dự án và các chuyên gia cũng như tình hình giải ngân vốn tài trợ…
Bà Mary Hall đánh giá cao quá trình hoạt động của dự án cho đến thời điểm này đồng thời bày tỏ sự lưu tâm tới những kiến nghị từ KTNN và khẳng định dự án phù hợp với chiến lược phát triển của ngành KTNN Việt Nam. Về những bất cập, bà Mary Hall cho rằng cần phải có cuộc họp giữa KTNN và đại diện EC để thống nhất lại cách thức tiến hành nhằm đạt được kết quả tốt nhất cho dự án.