Cơ cấu tổ chức
 
1. Lãnh đạo Văn phòng gồm: Chánh Văn phòng và các Phó Chánh Văn phòng giúp việc cho Chánh Văn phòng; Chánh Văn phòng, Phó Chánh Văn phòng do Tổng Kiểm toán Nhà nước bổ nhiệm, miễn nhiệm và cách chức.
2. Tổ chức bộ máy của Văn phòng gồm:
a) Phòng Thư ký - Tổng hợp;  
b) Phòng Hành chính;
c) Phòng Kế toán;
d) Phòng Quản trị;
đ) Phòng Quản lý đầu tư;
e) Phòng Quan hệ công chúng;
g) Ban Tài chính;
h) Ban Thi đua - Khen thưởng;
i) Đội quản lý xe;
k) Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng cơ quan Kiểm toán Nhà nước.
    - Phòng có Trưởng phòng và các Phó trưởng phòng giúp việc Trưởng phòng.
- Ban Tài chính và Ban Thi đua – Khen thưởng có Trưởng ban và các Phó trưởng ban giúp việc Trưởng ban (Trưởng ban là Phó Chánh Văn phòng kiêm Trưởng ban hoặc hàm Phó Vụ trưởng ; Phó trưởng ban hàm Trưởng phòng hoặc Phó trưởng phòng).
- Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng cơ quan Kiểm toán Nhà nước có Trưởng Ban và các Phó trưởng ban giúp việc Trưởng ban (Trưởng ban là Trưởng phòng; Phó trưởng ban là Phó trưởng phòng).
  - Đội quản lý xe có Đội trưởng và các Đội phó (Đội trưởng tương đương Trưởng phòng; Đội phó tương đương Phó trưởng phòng).
Việc bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức công chức lãnh đạo Phòng, Ban, Đội thực hiện theo quy định phân cấp quản lý cán bộ của Kiểm toán Nhà nước.
    Nhiệm vụ cụ thể của từng Phòng, Ban, Đội do Chánh Văn phòng quy định sau khi có ý kiến phê duyệt của Tổng Kiểm toán Nhà nước.     
Việc thành lập, sáp nhập, chia tách, giải thể các Phòng, Ban, Đội thuộc Văn phòng do Tổng Kiểm toán Nhà nước quyết định theo đề nghị của Chánh Văn phòng và Vụ trưởng Vụ Tổ chức cán bộ.
(Trích theo Quyết định số 1202/QĐ-KTNN ngày 03/7/2012 của Tổng Kiểm toán Nhà nước)