Kiểm toán Nhà nước được tổ chức và quản lý tập trung thống nhất, gồm: bộ máy điều hành, Kiểm toán Nhà nước chuyên ngành, Kiểm toán Nhà nước khu vực và các đơn vị sự nghiệp. Uỷ ban Thường vụ Quốc hội quy định cụ thể cơ cấu tổ chức của Kiểm toán Nhà nước. Tổng Kiểm toán Nhà nước quy định cụ thể chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của các đơn vị trực thuộc Kiểm toán Nhà nước. Số lượng Kiểm toán Nhà nước chuyên ngành và Kiểm toán Nhà nước khu vực trong từng thời kỳ được xác định trên cơ sở yêu cầu nhiệm vụ do Tổng Kiểm toán Nhà nước trình Uỷ ban Thường vụ Quốc hội quyết định.
Hiện nay, cơ cấu tổ chức của Kiểm toán Nhà nước bao gồm 30 Vụ và đơn vị tương đương cấp Vụ như sau:

Các đơn vị tham mưu thuộc bộ máy điều hành
1. Văn phòng Kiểm toán Nhà nước;
2. Vụ Tổ chức cán bộ;
3. Vụ Tổng hợp;
4. Vụ Chế độ và Kiểm soát chất lượng kiểm toán;
5. Vụ Pháp chế;
6. Vụ Hợp tác quốc tế.
7. Thanh tra Kiểm toán Nhà nước.

Các đơn vị Kiểm toán Nhà nước chuyên ngành
1. Kiểm toán Nhà nước chuyên ngành Ia (lĩnh vực quốc phòng);
2. Kiểm toán Nhà nước chuyên ngành Ib (lĩnh vực an ninh, tài chính và ngân sách Đảng, hoạt động cơ yếu, dự trữ nhà nước);
3. Kiểm toán Nhà nước chuyên ngành II (lĩnh vực ngân sách trung ương của bộ, ngành kinh tế tổng hợp);
4. Kiểm toán Nhà nước chuyên ngành III (lĩnh vực ngân sách trung ương của bộ, ngành, cơ quan thuộc Chính phủ…);
5. Kiểm toán Nhà nước chuyên ngành IV (lĩnh vực đầu tư, dự án hạ tầng cơ sở);
6. Kiểm toán Nhà nước chuyên ngành V (lĩnh vực đầu tư, dự án công nghiệp, dân dụng);
7. Kiểm toán Nhà nước chuyên ngành VI (các tập đoàn, tổng công ty nhà nước);
8. Kiểm toán Nhà nước chuyên ngành VII (ngân hàng, các tổ chức tài chính).

Các đơn vị Kiểm toán Nhà nước khu vực
1. Kiểm toán Nhà nước khu vực I
(trụ sở đặt tại Thành phố Hà Nội);
2. Kiểm toán Nhà nước khu vực II
(trụ sở đặt tại Thành phố Vinh, tỉnh Nghệ An);
3. Kiểm toán Nhà nước khu vực III
(trụ sở đặt tại Thành phố Đà Nẵng);
4. Kiểm toán Nhà nước khu vực IV
(trụ sở đặt tại Thành phố Hồ Chí Minh);
5. Kiểm toán Nhà nước khu vực V
(trụ sở đặt tại Thành phố Cần Thơ).
6. Kiểm toán Nhà nước khu vực VI
(trụ sở đặt tại Thành phố Hạ Long, tỉnh Quảng Ninh);
7. Kiểm toán Nhà nước khu vực VII
(trụ sở đặt tại Thành phố Yên Bái, tỉnh Yên Bái);
8. Kiểm toán Nhà nước khu vực VIII
(trụ sở đặt tại Thành phố Nha Trang, tỉnh Khánh Hòa);
9. Kiểm toán Nhà nước khu vực IX
(trụ sở đặt tại Thành phố Mỹ Tho, tỉnh Tiền Giang);
10. Kiểm toán Nhà nước khu vực X
(Trụ sở đặt tại thành phố Thái Nguyên, tỉnh Thái Nguyên);
11. Kiểm toán Nhà nước khu vực XI
(trụ sở đặt tại thành phố Thanh Hoá, tỉnh Thanh Hoá);
12. Kiểm toán Nhà nước khu vực XII
(trụ sở đặt tại thành phố Buôn Ma Thuột, tỉnh Đắk Lắk);
13. Kiểm toán Nhà nước khu vực XIII
(trụ sở đặt tại thành phố Vũng Tàu, tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu).

Các đơn vị sự nghiệp
1. Trường Đào tạo và bồi dưỡng nghiệp vụ kiểm toán;
2. Trung tâm Tin học;
3. Báo Kiểm toán.

Mỗi đơn vị có các phòng chức năng để thực hiện nhiệm vụ. Văn phòng Kiểm toán Nhà nước có con dấu riêng; Kiểm toán Nhà nước khu vực và các đơn vị sự nghiệp có tư cách pháp nhân, có con dấu, tài khoản và trụ sở riêng.
Kiểm toán Nhà nước chuyên ngành thực hiện kiểm toán theo chuyên ngành đối với cơ quan, tổ chức ở Trung ương; Kiểm toán Nhà nước khu vực thực hiện kiểm toán đối với cơ quan, tổ chức ở địa phương trên địa bàn khu vực và các nhiệm vụ kiểm toán khác theo sự phân công của Tổng Kiểm toán Nhà nước.
Kiểm toán trưởng (cấp Vụ trưởng), các Phó Kiểm toán trưởng (cấp Phó vụ trưởng); Chánh Văn phòng và Phó chánh Văn phòng; Vụ trưởng, các Phó Vụ trưởng; Giám đốc, các Phó Giám đốc trung tâm; Tổng biên tập, các Phó Tổng biên tập do Tổng Kiểm toán Nhà nước bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức.

Cán bộ, Kiểm toán viên Kiểm toán Nhà nước là công chức Nhà nước, được tuyển chọn từ 2 nguồn:
* Các cán bộ, công chức Nhà nước có bằng cử nhân trở lên về các chuyên ngành: kiểm toán, kế toán, tài chính, ngân hàng, kinh tế, luật hoặc chuyên ngành khác đã có bề dày kinh nghiệm thực tiễn công tác được tuyển chọn ở các cơ quan, đơn vị và các địa phương.
* Các cử nhân mới tốt nghiệp các trường đại học, học viện thuộc các chuyên ngành: kiểm toán, kế toán, tài chính, ngân hàng, kinh tế, luật hoặc chuyên ngành khác được lựa chọn qua các kỳ thi tuyển cán bộ, công chức.
Chức danh Kiểm toán viên nhà nước gồm: Kiểm toán viên dự bị; Kiểm toán viên; Kiểm toán viên chính; Kiểm toán viên cao cấp. Việc bổ nhiệm, miễn nhiệm Kiểm toán viên, Kiểm toán viên chính do Tổng Kiểm toán Nhà nước quyết định theo quy định của pháp luật. Việc bổ nhiệm, miễn nhiệm Kiểm toán viên cao cấp do ủy ban Thường vụ Quốc hội quyết định theo quy định của pháp luật.
Kiểm toán viên nhà nước phải có đủ các tiêu chuẩn của cán bộ, công chức theo quy định của pháp luật về cán bộ, công chức và các tiêu chuẩn sau:
1. Có phẩm chất đạo đức tốt, có ý thức trách nhiệm, liêm khiết, trung thực, khách quan;
2. Có bằng tốt nghiệp đại học trở lên thuộc một trong các chuyên ngành kiểm toán, kế toán, tài chính, ngân hàng, kinh tế, luật hoặc chuyên ngành khác có liên quan trực tiếp đến hoạt động kiểm toán;
3. Đã có thời gian làm việc liên tục từ năm năm trở lên theo chuyên ngành được đào tạo hoặc có thời gian làm nghiệp vụ kiểm toán ở Kiểm toán Nhà nước từ ba năm trở lên;
4. Đã tốt nghiệp chương trình bồi dưỡng Kiểm toán viên nhà nước và được Tổng Kiểm toán Nhà nước cấp chứng chỉ.